El presente trabajo examina cómo las políticas públicas de financiamiento destinado a las universidades estatales y privadas del Consejo de Rectores (CRUCH) en Chile han generado una segmentación económica y territorial, debido a la focalización de recursos económicos entregados históricamente a cada una de las instituciones, bajo instrumentos de financiamiento que se han mantenido por más de treinta años en el sistema, independientemente de las coaliciones y políticas gobernantes. Un análisis de correlación de variables de financiamiento actual, con datos 2011-2012, confirma las asimetrías y desigualdades entre las instituciones, especialmente para las universidades estatales de regiones, constatando sus "claras desventajas de inicio" por la entrega de recursos basales en un sistema de financiamiento a la oferta, destacando el mayor aporte otorgado a las universidades de mayor complejidad, mezclando instrumentos de financiamiento directos con subsidios a la demanda, becas y créditos, en un sistema altamente competitivo, impactando en el posicionamiento, clasificación, reputación y la percepción social sobre el prestigio de los planteles.