El horno microondas (HM) fue introducido en Anatomía Patológica en los años 80, siendo utilizado en varios procesos dentro del laboratorio. Se realizó la comparación de algunos parámetros histológicos, histoquímicos e inmunohistoquímicos en muestras de tejido normal, procesados paralelamente de manera convencional y en HM. Se seleccionaron muestras en duplicado de diversos tejidos; se procesaron convencionalmente (PC) en un procesador automático y en HM utilizando un protocolo estandarizado previamente. Se realizaron tinciones histológicas e histoquímicas (H-E, PAS y Azul Alcián) e inmunohistoquímicas (CD45, CD3, CD20 Citoqueratinas AE1/AE3, 5/18, 20, S-100, Receptores de Estrógeno y Progesterona). Las técnicas se escogieron según tipo de tejido. Se evaluó la calidad de los preparados (tinción nuclear, tinción citoplasmática y calidad general), la intensidad de las tinciones histológicas, histoquímicas e inmunohistoquímica de marcadores escogidos. El HM posibilitó la entrega de la lámina histológica en un tiempo mucho menor que el PC, disminuyendo el tiempo de procesamiento de 12 a 1 hora. Se observó una contracción mayor en las muestras procesadas en HM que en sus pares procesadas convencionalmente: tonsila palatina (54,8% v/s 46,6%), intestino grueso (33,3% v/s 22,2%), piel (24,1% v/s 13,7%) y mama (15,1% v/s 26,3%). La calidad del corte histológico fue mayor en las muestras PC, observando en los tejidos HM una tinción menos homogénea, con agrietamientos y desprendimientos más notorios, siendo igualmente apropiadas para el diagnóstico histológico. En cuanto a las tinciones histoquímicas, no se observaron cambios significativos. Se observó una mayor intensidad de tinción inmunohistoquímica de proteína S-100 y citoqueratina AE1/AE3 en piel. Se concluyó que el HM convencional puede ser utilizado en el procesamiento de biopsias sin inconvenientes para el diagnóstico anatomopatológico.