Los pacientes pediátricos oncológicos con frecuencia presentan lesiones orales debido a su neoplasia o como efecto colateral del tratamiento. El objetivo de este estudio fue comparar la prevalencia de patologías de la mucosa oral en niños con cáncer que fueron hospitalizados y tratados con quimioterapia en el Hospital Regional de Concepción, en los años 1997 y 2007. Se realizó un estudio descriptivo retrospectivo longitudinal en datas de 148 pacientes (74 cada año) con patologías neoplásicas en tratamiento con quimioterapia (Leucemias, linfomas, tumores del Sistema Nervioso Central y otros), registrando sus datos generales y la patología bucal (mucositis (M), candidiasis (C), lesiones por Virus Herpes tipo 1 (VHS) y síndromes hemorragíparos (H) . Los datos se resumieron en tablas anuales y fueron sometidos a análisis estadísticos. Se encontró una disminución significativa del número de pacientes con patologías bucales en el año 2007 en relación al año 1997 (P<0.05, Tet de Fisher). Además se encontró una tendencia a la baja en los pacientes con candidiasis y con mucositis en el año 2007 en comparación con 1997. Es necesario seguir estudiando medidas para prevenir, diagnosticar y/o tratar tempranamente las patologías orales de los pacientes en tratamiento antineoplásico.