El objetivo del trabajo fue determinar la asociación entre los niveles de ácido fólico, vitamina B (Vit B12) y homocisteína (Hci) maternos, con defectos del tubo neural (DTN) y labio hendido (LH) con y sin paladar hendido (c/s PH). Se realizó un estudio tipo casos y controles. Casos, con diagnóstico de DTN y LH c/s PH (n=36) y cuatro controles hospitalarios por caso (n=141). Se incluyeron recién nacidos (RN) y lactantes hasta 12 meses de edad. Las variables de pareamiento fueron: edad del RN o lactante, etniay hospital. Un 23% de etnia Tarahumara y 77% mestizos. Se determinó ácido fólico intraeritrocitario (AFI), plasmático (AFP) y Vit B12 por radioinmunoensayo, la Hci por inmunoensayo de fluorescencia polarizada. Se consideró deficiencia si el AFI fue &lt;160 ng/mL, AFP <3.5 ng/ mL y la Vit B12 &lt;200 pg/mL e hiperhomocisteinemia, si Hci >15 |J.mol/L. El análisis estadístico se realizó a través de regresión logística condicionada. Se identificó deficiencia de AFI en el 22% de las mujeres cuyos recién nacidos o lactantes presentaron algún tipo de defecto congénito y en el 12% de los controles. La relación entre AFI y DTN, LH c/s PH ajustada por edad materna, exposición a plaguicidas y zona de residencia fue RM 2,96 (IC 95% 0,92-9,46). No se encontraron diferencias en los niveles de Hci ni de Vit B12. Conclusiones: Nuestros resultados sugieren que RN cuyas madres cursan con una deficiencia de AFI tienen mayor riesgo de presentar DTN y LH c/s PH.