Streptococcus mutans y Streptococcus sobrinus han sido indicados como los principales agentes etiológicos de la caries dental. Sin embargo, los métodos microbiológicos y bioquímicos, disponibles actualmente en Chile, no permiten la rápida detección e identificación de estas bacterias. El objetivo de este trabajo fue implementar la metodología de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para detectar la presencia de S. mutans y S. sobrinus en saliva. Participaron de este estudio 51 escolares (5 a 17 años), provenientes de cinco diferentes colegios de la ciudad de Temuco; a los cuales se les realizó recuento de estreptococos del grupo mutans en saliva por método microbiológico y la diferenciación de especies por la técnica de PCR. Los resultados mostraron que la sensibilidad para la técnica de PCR fue 1000 UFC/mL de saliva, diez veces superior a la sensibilidad del método microbiológico utilizado (10.000 UFC/mL). Además, el análisis de la especificidad de la amplificación, evaluada por restricción enzimática, confirmó la presencia de las bacterias investigadas. La prevalencia de S. mutans fue de 88.2% y para S. sobrinus de 11.8%. La presencia conjunta de ambas bacterias fue observada en 7.8% de los individuos. En conclusión, podemos señalar que la metodología implementada es útil para la detección rápida de S. mutans y S. sobrinus en saliva.