Introducción: La Trombosis Venosa Profunda (TVP) es un importante problema de salud en la sociedad moderna. Evidencia reciente sugiere una asociación entre variantes funcionales en genes del metabolismo de la homocisteína con TVP. Sin embargo, los resultados entre poblaciones son contradictorios. En este trabajo, evaluamos la potencial asociación entre la presencia de polimorfismos en genes del metabolismo de la homocis-teína y susceptibilidad a TVP e hiperhomocisteinemia en sujetos chilenos. Métodos: Un total de 231 individuos, 77 pacientes con diagnóstico de TVP y 154 controles fueron incluidos en el estudio. Polimorfismos en los genes Metilenotetrahi-drofolato reductasa (MTHFR) y Cistationina p-sintetasa fueron genotipificados por PCR-RFLP Las concentraciones de homocisteína basal fueron cuantificadas mediante Inmunoensayo de Fluorescencia Polarizada. Resultados: La distribución genotípica y frecuencias alélicas del polimorfismo MTHFR C677T fue significativamente diferente entre pacientes y controles (p<0.01). Odds Ratio para TVP asociada al genotipo homocigoto fue 3.68 (I.C. 95%: 1.628-8.337, p<0.01). Por el contrario, la distribución genotípica de la variante CBS 844ins68 fue similar en ambos grupos (OR=1.82, I.C. 95%: 0.636-5.234, p=0.257). Además, los portadores del genotipo homocigoto MTHFR 677TT presentaron niveles más elevados de homocisteína plasmática. Conclusiones: El polimorfismo MTHFR C677T constituye un biomarcador de riesgo de TVP en población chilena, y se relaciona a mayores niveles de homo-cisteína en sujetos homocigotos. Los resultados sugieren que la detección molecular de esta variante debería ser incluida en el estudio básico de Trombofilia en nuestra población.