La morfología de los "piures" (Urochordata: Tunicata) es altamente variable, mostrando diferencias hábitat-específicas con una base intra- o interespecífica, lo cual dificulta la comprensión de sus significados taxonómicos, ecológicos y evolutivos. En el presente trabajo se caracterizó genéticamente, mediante polimorfismos de isoenzimas, a tres morfotipos de piures: achatados, intermedios y alargados, observados en poblaciones intermareales del "piure de Antofagasta" Pyura praeputialis. El estudio se realizó en tres localidades que se distribuyen en un gradiente de exposición al oleaje en el extremo norte de la Bahía de Antofagasta, Chile. Se analizó un total de 17 loci isoenzimáticos, a través de electroforesis en gel de almidón, de los cuales tres fueron polimórficos: IDH-1, MDH-1 y PGM-1. Los resultados sugieren diferencias morfológicas pero no genéticas entre los morfotipos. Sin embargo, las localidades difieren significativamente en su estructura genética. Se compara los resultados en relación a las respuestas observadas para morfotipos semejantes en Australia, sobre la base de que P. praeputialis habría colonizado recientemente la Bahía de Antofagasta. Se concluye que las diferencias entre los morfotipos en Antofagasta tienen una base intraespecífica y en Australia interespecífica y se discute las hipótesis que podrían explicar las diferencias genéticas y fenotípicas observadas