Los protozoos de la familia Aggregatidae requieren de dos hospedadores para completar su ciclo biológico: un crustáceo y un cefalópodo. En este estudio se busca evidenciar si existe un uso diferencial de microhábitats de las infrapoblaciones de Aggregata patagonica entre dos zonas del tracto digestivo de su hospedador definitivo, el pulpo Enteroctopus megalocyathus. Para ello, se examinaron 40 ejemplares de Ancud y 37 de Quellón, provenientes de las capturas artesanales de la Isla de Chiloé. El tamaño y la densidad de los ooquistes se cuantificaron en el ciego y el intestino del hospedador. Además, se efectuaron observaciones histológicas para determinar cuantitativamente la ocurrencia de los distintos estados de desarrollo del parásito. En Ancud el 80 % de los pulpos estaban parasitados en el ciego y el intestino, mientras que en Quellón era el 100 %. Se determinaron cuatro estados de desarrollo (microgametos, cigotos, esporoquistes inmaduros y maduros). Los ooquistes de A. patagonica fueron más pequeños y abundantes en el ciego, pero la cobertura fue mayor en el intestino. Además, la densidad y cobertura aumenta en pocos meses entre una muestra y otra. Al parecer, A. patagonica no usaría a los dos microhábitats como lugares de preferencia para pasar los diferentes estados de desarrollo, sino más bien, y según las condiciones del microhábitat, en el intestino crecerían más los ooquistes pero en menos cantidad, ocupando una mayor superficie del microhábitat, contrario a lo que ocurre en el ciego. Por esto se sugiere que A. patagonica hace un uso diferencial del microhábitat, mediante dos estrategias distintas de historia de vida