Las áreas de humedal ocupan casi el 5 % del territorio de la Patagonia argentina. En la zona extrandina y el desierto patagónico estos ecosistemas son esenciales para sostener numerosas especies de fauna y flora silvestre. Además, los humedales del norte patagónico permiten el desarrollo de comunidades acuáticas complejas y constituyen el hábitat crítico de grupos de organismos como los peces y los anfibios incluidos en listados de conservación prioritaria. Estos ecosistemas tienen un funcionamiento complejo que depende estrechamente de las fluctuaciones de las variables meteorológicas y son por lo tanto muy sensibles a los efectos del cambio climático. En la actualidad el uso de la tierra, la introducción de especies y la interacción de estos aspectos con el cambio climático constituyen las variables de mayor impacto sobre estos ambientes patagónicos. En este trabajo se presenta información geográfica, geomorfológica y climática de un número de humedales del norte de la Patagonia argentina. Por otra parte, se sintetiza información sobre la flora y la distribución de peces y anfibios con el propósito de enfatizar la importancia de estos ambientes en el mantenimiento de la biodiversidad regional. Por último, se señalan los procesos que actualmente afectan a estos sistemas poniendo en evidencia la necesidad de obtención de conocimientos básicos para el diseño de planes de manejo y conservación de sus comunidades biológicas