Este trabajo describe la variabilidad genética actual de tres poblaciones de llamas (Lama glama) del noroeste argentino (NOA), afectadas a la producción de fibra. Originariamente, las tropas fueron una única población la cual fue subdividida hace 10 años. Se estudiaron muestras de ADN de 77 animales mediante amplificación por PCR de 12 loci microsatélite con cebadores específicos de llama. La alta variabilidad genética comprobada se sustenta en el hallazgo total de 140 alelos diferentes, 9 a 16 alelos por locus y rangos de heterocigosidad observada y esperada por locus de 1 a 0 y 0,9 a 0,47, respectivamente. Diecinueve de treinta y seis pruebas de equilibrio de Hardy-Weinberg mostraron desvíos significativos (P < 0,05) debidos a una deficiencia de heterocigotos que se correspondería con el comportamiento poligínico natural de la especie. El nivel de diferenciación genética observado entre los tres planteles, moderado (Fst = 0,076; P = 0,000) pero significativo de subestructura, podría atribuirse a la introducción de progenitores machos de otras regiones geográficas, en el momento de subdividir la población original. La presencia de 44 alelos privados, distribuidos entre las tres tropas permitiría diseñar apareamientos dirigidos a mejorar la diversidad genética mediante el intercambio de nuevas variantes alélicas. La transferencia a los productores, de los resultados de este trabajo, beneficiará la adopción de futuras estrategias de manejo adaptadas a la situación particular de cada plantel