La proliferación de métodos en las últimas décadas ha llevado a algunos autores a cuestionar si la biogeografía es una disciplina coherente. Las biotas son mosaicos complejos debidos a dispersión (expansión de las distribuciones) y vicarianza (fragmentación de las distribuciones), teniendo historias complejas y reticuladas, que necesariamente deben estudiarse a través de la integración de diferentes metodologías. Un análisis biogeográfico evolutivo involucraría cinco etapas: (1) reconocimiento de componentes bióticos (conjuntos de taxa integrados espacio-temporalmente debido a una historia común), mediante la panbiogeografía y métodos para identificar áreas de endemismo; (2) contrastación de los componentes bióticos e identificación de los eventos vicariantes que los fragmentaron, mediante la biogeografía cladística y filogeografía comparada; (3) establecimiento de un arreglo jerárquico de los componentes en un sistema biogeográfico de reinos, regiones, dominios, provincias y distritos; (4) identificación de los cenocrones (conjuntos de taxa con edad y orígenes similares), datados mediante la filogeografía intraespecífica, relojes moleculares y fósiles; y (5) formulación de un escenario geobiótico, que explique la evolución de los componentes y cenocrones, integrando información geológica y tectónica