En este trabajo se analizó la estructura comunitaria de diatomeas depositadas en los sedimentos superficiales de ocho lagos andinos chilenos ubicados entre los 32°49' y 38°48' S. Se encontró un total de 99 taxa de diatomeas, distribuidos en 48 géneros. Del total de taxa, 74 fueron identificados a nivel de especie siendo todos ellos cosmopolitas a excepción de Eunotia andinofrequens, Gomphonema punae, Pinnularia araucanensis y Pinnularia acidicola, entre otras, que están descritos solo para el Hemisferio Sur. Por otro lado, las muestras analizadas presentaron distinta composición florística de diatomeas. De esta manera, en los ensambles diatomológicos depositados en los sedimentos de las lagunas de altura Ocho, Huifa, Ensueño y Negra ubicadas sobre los 2.860 m del nivel del mar, abundaron especies bentónicas, típicas de aguas oligotróficas y acidas como Achnanthidium exiguum, Achnanthidium minutissimum, Encyonema minutum, Pinnularia acidicola y Planothidium lanceolatum. En los ensambles diatomológicos de los lagos Galletué, Icalma y Laja, ubicados bajo los 1.360 m del nivel del mar, abundaron diatomeas planctónicas, características de aguas alcalinas y mesotróficas como Asterionella formosa, Aulacoseira distans, Aulacoseira granulata, Cyclotella stelligera y Rhopalodia gibba