Se analiza la distribución y abundancia del ictioplancton de Chile austral (41-45° S) durante noviembre de 2005 en relación a las características oceanógraficas de la columna de agua (temperatura, salinidad y estratificación). Durante el periodo de estudio, se recolectó un total de 44.606 huevos de peces y 2.016 larvas correspondientes a 28 taxa. Los estados tempranos de peces pelágicos pequeños dominaron en las muestras, con densidades de ~ 14.000 huevos 10 m-2 de anchoveta (Engraulis ringens) y > 100 larvas 10 m-2 de clupeidos. Análisis multivariados indicaron la formación de dos grupos de estaciones, uno asociado a la zona de fiordos, de mayor profundidad, con fuertes gradientes verticales de temperatura y salinidad y mayor estratificación, y otro grupo asociado al borde oriental de la isla Chiloé, de menor profundidad y mayor mezcla en la columna de agua. En las zonas de mayor estratificación (Le., mayor frecuencia de Brunt-Váisála, N-2), se encontraron mayores densidades de huevos y larvas de peces pelágicos y mesopelágicos (Strangomera bentincki y Maurolicus parvipinnis). Al comparar esta información con un crucero oceanógrafico llevado a cabo 10 años antes en la misma zona (octubre de 1995), se detectaron cambios en la composición específica de ictioplancton, lo que puede indicar diferencias en las especies de peces marinos que utilizan la zona de fiordos y canales como área de desove y crianza larval.