El análisis de la distribución de linajes de genes a lo largo de su distribución geográfica, para elucidar patrones y procesos históricos, evolutivos y ecológicos que determinan la distribución de la biota en el planeta, conforma la disciplina de estudio conocida como filogeografía. En esta revisión presentamos un resumen de la historia, definición y progresos de la filogeografía, profundizando sobre las herramientas, métodos y técnicas utilizadas para desarrollar estudios filogeográficos. Sintetizamos los fundamentos y avances analíticos y teóricos, con explicaciones mediante ejemplos relevantes que permitirán a los lectores obtener el sentido y alcances de esta área de investigación. Finalmente, indicamos las nuevas líneas de análisis y estudio de la filogeografía.