En enero de 2006 se estudiaron los patrones espaciales de distribución de comunidades de macroinvertebrados bentónicos de la cuenca hidrográfica del río Baker (45°50' O y 47°55' S) y los principales factores controladores, intentando cubrir la mayor variedad de ecosistemas lóticos. Para llevar a cabo el estudio se seleccionaron 27 estaciones de muestreo ubicadas en las diferentes subcuencas del río. En cada estación se realizó una caracterización fisicoquímica del agua (conductividad, oxígeno disuelto, pH, temperatura y turbidez), y se documentaron las características del tramo de río (e.g. ancho del cauce y tipo de sedimento) e información cartográfica utilizando un sistema de información geográfica (SIG). Se identificaron un total de 51 taxa que correspondieron en su mayoría a larvas de insectos (80 %). Los grupos con mayor riqueza fueron los órdenes Ephemeroptera (15 taxa), Plecoptera (8 taxa) y Trichoptera (8 taxa). Los análisis de clasificación y ordenación realizados con los datos de abundancia, permitieron reconocer siete grupos de estaciones diferentes (A-F) que fueron estadísticamente significativos (P < 0.05). El análisis de regresión múltiple, muestra que la variable ambiental que mejor explica los patrones biológicos observados, fue el porcentaje de cobertura de bolones, explicando el 44 % de la varianza de los datos biológicos (r² = 0.44 P < 0.05).