La relación bidireccional de influencia que la acuicultura establece con el ambiente en el cual se desarrolla determina límites al crecimiento de esta actividad económica en Chile. Esto se ha traducido tanto en restricciones técnicas, como en conflictos ambientales y sociales. La creciente demanda de nuevos productos quimioterapéuticos y su consecuente vertido en ambientes acuáticos es considerado uno de los principales problemas ambientales que enfrenta la industria del salmón en Chile. Sin embargo, poco se sabe acerca de los efectos que ejercen estas sustancias sobre especies no objetivo y, en general, sobre la estructura y función de los ecosistemas expuestos. Mediante la aplicación de teoría y métodos de ecología contemporánea, el trabajo aquí presentado busca contribuir oportunamente al desarrollo de una metodología que permita reducir el nivel de incertidumbre asociado a la evaluación de riesgo ambiental de productos veterinarios utilizados en acuicultura. Se revisa el estado actual de la evaluación de riesgo ambiental en Chile y se identifican aspectos críticos y factibles de corregir en el marco de los procedimientos utilizados. Finalmente, se entrega una propuesta metodológica general que contempla extender de un modo coherente las pruebas ecotoxicológicas estándar, combinando experimentación a niveles comunitario, poblacional e individual, junto a la modelización matemática de sistemas ecológicos.