La diversidad biológica de los bosques templados en la región de montaña denominada "Sierra Madre Occidental», México, es rica. Esta zona se encuentra en la Zona de Transición, un área biogeográficamente importante de Norteamérica caracterizada por una gran heterogeneidad ambiental local. Sin embargo, poco se conoce sobre la composición taxonómica y la organización de los mamíferos pequeños nativos y sobre la influencia de los factores ecológicos locales, en particular en tipos de vegetación diferentes. Por lo tanto, se estudió la composición de especies y la estructura de los ensambles de pequeños mamíferos de esta sierra y se proporcionó información sobre el nivel de anidamiento y la detección de patrones en su organización. El área de estudio fue el rancho "El Durangueño", Durango, México. Se muestrearon tres tipos de vegetación diferentes (pastizales y bosques de encino-pino y pino-encino) por estación de 2005 y 2006. Los roedores fueron capturados, recapturados e identificados durante tres noches por sitio. Los resultados produjeron 520 individuos (386 capturas, 134 recapturas) de 18 especies de mamíferos pequeños (14 ratones, cuatro ardillas) de tamaños corporales diferentes, de afinidades neártica, neotropical o compartida; se encontraron endemismos y taxas en alguna categoría de riesgo de extinción. La riqueza y la equitabilidad fueron altas, la diversidad y los niveles poblacionales fueron moderados, a excepción de un bosque de encino-pino con densidad de pequeños mamíferos alta y la dominancia de alguna especie en el bosque de pino-encino, debido probablemente a perturbaciones. El patrón espacial de las especie de tamaño mediano no fue azaroso. El ensamblaje de especies no presentó anidamiento y tuvo una distribución log-normal, con cuatro especies comunes y de amplia distribución (Peromyscus truei, P. maniculatus, Reithrodontomys montanus y Sigmodon leucotis) y siete de distribución restringida. Las especies pertenecieron a gremios tróficos diferentes, como lo muestran sus preferencias alimentarias, que estuvieron compuestas por hasta dos especies dominantes por sitio. En conclusión el ensamble de mamíferos pequeños de estos bosques de la Madre Sierra es distintivo y diverso, no está estructurado al azar y la vegetación puede ser uno de los factores ecológicos que han jugado un papel evolutivo importante en su formación.