El género Alstroemeria es exclusivamente sudamericano y consta de 82 taxa distribuyéndose, principalmente en Chile y Brasil. La gran importancia económica que han adquirido las Alstroemerias chilenas como plantas ornamentales ha despertado gran interés en la variabilidad morfológica de las flores y variabilidad genética en especies con potencial valor económico. Una de ellas es Alstroemeria hookeri que posee cuatro subespecies, de las cuales, la subespecie tipo, es endémica de las regiones del Maule y Biobio. Su distribución geográfica consiste de dos rangos, separados por la Cordillera de la Costa. Así, existen poblaciones costeras, creciendo, entre los 5-20 m de altura en las provincias de Arauco, Concepción, Nuble y Cauquenes y poblaciones del interior creciendo entre los 100-150 m de altura, en las provincias de Biobio y Nuble. Evidencias preliminares señalan diferencias fenotípicas entre poblaciones costeras y del interior, relacionadas con el color y forma de los tépalos. Por esta razón, se realizó un estudio morfológico comparativo en el rango completo de distribución de esta subespecie y estudiar su genética poblacional, especialmente los niveles de estructuración poblacional. Se analizaron 33 caracteres florales, mediante métodos de ordenación. El estudio morfológico indica una tendencia a separar las poblaciones en dos grupos, coincidiendo con los extremos de la variación morfológica y con ambos rangos de distribución, existiendo caracteres que aportan a ello. Los índices de variabilidad genética fueron determinados usando 17 loci aloenzimáticos. Además, se estimaron los valores de estructuración poblacional y se realizó un análisis de AMOVA. Se estimaron valores de distancia genética de Nei, entre todos los pares de poblaciones para construir un dendrograma que refleje las relaciones de similitud genética. Los resultados indican altos valores de estructuración entre poblaciones y baja variabilidad genética intrapoblacional en esta subespecie. Los resultados del AMOVA indican que la variabilidad se da principalmente entre poblaciones. Sin embargo, estos resultados variaron cuando se analizan las poblaciones de ambos rangos de distribución separadamente. La similitud genética no coincide con la divergencia morfológica entre individuos de la costa e interior, indicando que algunas poblaciones del interior están más relacionadas genéticamente, con poblaciones costeras que con aquellas de su mismo rango geográfico.