El aumento de la demanda energética chilena en los últimos años ha promovido la creación de una gran cantidad de proyectos de generación eléctrica. La posible instalación de tres centrales termoeléctricas a carbón al norte de la Región de Coquimbo y en las inmediaciones de áreas definidas como claves para la conservación y manejo de la biodiversidad marina (e.g., reservas marinas, áreas de manejo y explotación de recursos bentónicos) y terrestre (e.g., reserva nacional, sitios prioritarios), ha generado conflictos sociales y controversias sobre su ubicación y compatibilidad con los usos propuestos para el área. El presente comentario plantea el conflicto que se origina entre la necesidad de cubrir los requerimientos energéticos de Chile y la implementación de iniciativas de conservación y manejo de recursos naturales. Se describe la importancia y relevancia ecológica y económica del área de posible instalación de las termoeléctricas y se revisan los principales impactos reportados para este tipo de tecnología sobre la salud humana y ecosistémica. Finalmente, se proponen enfoques y herramientas que pueden asistir en la toma de decisiones y en la resolución de conflictos.