En base a avances recientes en teoría de redes ecológicas, se presenta un marco conceptual ad hoc y una propuesta metodológica para la evaluación de la relevancia ecológica de las especies de una comunidad, orientada a la Evaluación de Riesgo Ecológico de sistemas acuáticos en Chile. El procedimiento es de carácter teórico y se basa en la calidad de la información disponible, es decir no requiere de evaluaciones experimentales ni observacionales de campo. Dado el estado de conocimiento actual y esperado a mediano plazo acerca de la estructura de las comunidades acuáticas locales, el método propuesto está enfocado a su aplicación en comunidades cuyo nivel de conocimiento es bajo o medio. La propuesta utiliza criterios cualitativos e índices cuantitativos (siete índices topológicos y un índice basado en modelación cualitativa) para la identificación de especies ecológicamente relevantes que representen al menos tres categorías tróficas de la comunidad.