Introducción: El Síndrome de Burnout (SB) ha sido estudiado en gran cantidad de poblaciones de profesionales, pero en nuestro medio aún no se tienen reportes en los estudiantes de ciencias de la salud. El objetivo fue determinar la prevalencia del SB y los factores que se asocian en siete facultades de medicina peruanas. Métodos: Estudio transversal analítico, multicéntrico. A través de una encuesta auto-aplicada en estudiantes que acudían a sedes hospitalarias en siete facultades de medicina del Perú. Se definió SB según la positividad del test Maslach Burnout Inventory (MBI), además se midió otras variables socio-educativas y hábitos. Se obtuvo los valores p mediante los modelos lineales generalizados, ajustando por la universidad de procedencia. Resultados: De los 557, la mediana de edades fue de 22 años (rango intercuartílico: 21-24 años), el 50% (278) fueron mujeres. El 8% (47) tenía SB positivo, con rangos de 1-22% según la sede de encuestado, aumentando su prevalencia según aumenta el año de estudios, 3% (3°), 9% (4°), 13% (5°) y 12% (6°). Las variables que aumentaron la frecuencia de SB fueron el cursar los dos últimos años previos a internado (p < 0,001) y el fumar (p < 0,001); por el contrario, la mayor cantidad de horas de estudio (p: 0,047) redujo la frecuencia de SB, ajustados por el sexo. Conclusiones: Se encontró una frecuencia baja de SB entre los estudiantes, sin embargo, es importante conocer qué factores se encuentran relacionados, para poder intervenir en busca de la mejora de la salud mental de los futuros profesionales de la salud.