Antecedentes: Las neoplasias intraepiteliales cervicales (NIE) constituyen lesiones precursoras del cáncer de cuello uterino, mostrando un incremento de sus tasas de incidencia en todo el mundo. Cuba, a pesar de contar con un programa de tamizaje hace más de 40 años no ha logrado disminuir la mortalidad por este cáncer. Objetivo: Estudio de casos y controles entre los años 1999 y 2008 para determinar los factores de riesgo asociados a la probabilidad de tener una neoplasia intraepitelial cervical en las pacientes del área de salud del Policlínico Universitario "Dr. Juan Manuel Páez Inchausti", Isla de la Juventud, Cuba. Método: La muestra estuvo compuesta por 632 pacientes, de ellos 316 casos con NIE y pareados por edad, a partir de la revisión de sus tarjetas individuales de citología. Resultados: El promedio de edad fue de 36,08 ± 7,23 años. La mayor diferencia entre los grupos de estudios se encontró entre las pacientes de piel negra. En las pacientes que iniciaron sus relaciones sexuales antes de los 15 años el riesgo de padecer una NIE fue 3,8 veces mayor, triplicándose también el riesgo en las pacientes multíparas y en aquellas que usaron anticonceptivos orales por más de 10 años. Conclusión: Los factores de riesgo más relevantes en la muestra de estudio fueron el inicio precoz de las relaciones sexuales, las infecciones de transmisión sexual y la multiparidad.