Antecedentes. Las infecciones de transmisión sexual son un problema de salud con implicancias diversas, los factores asociados varían desde el inicio de las relaciones sexuales, número de parejas, uso de métodos anticonceptivos, entre otros. Mediante la citología se puede evaluar los cambios inflamatorios y la presencia de agentes patógenos; la relación entre los factores antes mencionados es conocida pero poco estudiada aún. Objetivo: Determinar la asociación entre el grado de severidad del reporte y el agente etiológico encontrado en la citología cérvico-vaginal. Métodos: Estudio transversal analítico, de los reportes de Papanicolaous del consultorio de ginecología y obstetricia del Hospital de Apoyo-Sullana II-2, Piura-Perú, 2007-2011. Se realizó un muestreo por conveniencia tipo censal (n=1535). Obteniendo datos del tipo de agente según el grado de inflamación, se realizó análisis descriptivos y analíticos, usando las pruebas chi2 y U de Mann Whitney. Resultados: La mediana de edades de las pacientes fue 36 años. Se encontró agentes patógenos en el 34% de muestras; las más frecuentes fueron la Cándida (64%) y la Gardnerella (28%). Se encontró una fuerte asociación entre la severidad de la inflamación y la presencia de Gardnerella (p<0,001), Trichomonas (p<0,001), la co-infección de dos gérmenes (p<0,001) y por cada año extra de edad de la paciente (p<0,001). Conclusiones: La severidad del reporte de Papanicolau está asociada al tipo de germen, la co-infección y la edad de la paciente. Esto debe ser tomado en cuenta para el manejo terapéutico en poblaciones similares.