RESUMEN Antecedentes: Un algoritmo puede definirse como un conjunto de operaciones y procedimientos que se deben seguir con el fin de resolver un problema. Objetivo: Conocer el cumplimiento del flujo de decisiones clínicas del protocolo preconizado en los algoritmos de derivación y de confirmación diagnóstica para la citología cervical atípica de significado indeterminado - H1, estipulados en el Programa Nacional de Búsqueda y Control del Cáncer Cervical de Chile. Métodos: Estudio epidemiológico de tipo descriptivo, observacional, cuantitativo y de seguimiento de una cohorte de mujeres portadoras de un primer informe de citología cervical atípica de significado indeterminado - H1, pertenecientes a los consultorios de Atención Primaria de Salud del área Metropolitana Sur de Santiago, Chile. El seguimiento fue a través de la aplicación de los “Algoritmo de derivación a especialista o U.P.C. del primer PAP atípico según la clasificación Bethesda 2001” y “Algoritmos para confirmación diagnóstica”. Resultados: Se seleccionaron 446 mujeres con un primer informe H1. El cumplimiento de conductas de acuerdo al algoritmo de derivación fue de 42.4% y las conductas alternativas fue de 5.8%. La adherencia de conducta en los algoritmos para confirmación diagnóstica fue cumplida en un 89.6%. Conclusiones: El cumplimiento de las conductas ajustadas a algoritmo de derivación del primer Pap atípico fue realizado por la mitad de las mujeres y el cumplimiento del algoritmo de confirmación diagnóstica fue realizado por la gran mayoría.