Antecedentes: La investigación de la microflora subgingival en pacientes diabéticos tipo 2 con periodontitis ha presentado resultados contradictorios. Objetivo: Determinar la presencia de Porphyromonas gingivalis, Tannerella forshytia, Treponema denticola y Aggregatibacter actinomycetemcomitans, en el biofilm subgingival de pacientes diabéticos tipo 2 y relacionarlo con el grado de control metabólico. Método: Estudio descriptivo transversal, en el cual se analizaron 23 pacientes diabéticos derivados consecutivamente del Policlínico de Especialidades de la Universidad de los Andes. Previo consentimiento informado, se realizó un examen clínico periodontal que incluyó mediciones de profundidad al sondaje, nivel de inserción clínica y sangrado gingival. Fueron clasificados según severidad de periodontitis y control metabólico de la diabetes determinado por un promedio de 3 exámenes de hemoglobina glicosilada. La detección microbiológica se realizó mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa. Resultados: En el grupo de pacientes estudiados, Treponema denticola y Tannerella forsythia fueron las bacterias más prevalentes (65.2%), seguida por Porphyromonas gingivalis (17.3%) y Aggregatibacter actinomycetemcomitans (13%). Los pacientes con peor control glicémico tuvieron una mayor presencia de Treponema denticola, Tannerella forsythia, Porphyromonas gingivalis y Agreggatibacter actinomycetemcomitans y un aumento en el índice de sangrado al sondaje. Conclusiones: En el grupo de pacientes diabéticos estudiado, las bacterias más prevalentes fueron Treponema denticola y Tannerella forsythia. Los pacientes diabéticos tipo 2 con moderado y mal control glicémico presentaron mayor presencia de los microorganismos estudiados, comparado con los grupos con mejores niveles de control glicémico.