Objetivo: Determinar si el láser de baja frecuencia (LLLT) es efectivo en disminuir la percepción del dolor posterior a la aplicación de separaciones molares para ortodoncia. Material y Método: Se realizó un ensayo clínico aleatorizado con enmascaramiento simple en 30 alumnos entre 16 y 20 años, a quienes se les aplicó separaciones elásticas entre los molares permanentes. Los voluntarios fueron designados en dos grupos: 15 pacientes en el grupo experimental quienes fueron tratados con LLLT (Photon Lase, DMC USA Corp.) por 30 segundos en cada molar permanente derecho y 15 pacientes en el grupo control quienes recibieron como placebo la colocación del láser inactivo con el mismo protocolo empleado en el grupo experimental. En total 30 dientes fueron incluidos en cada grupo. La percepción del dolor fue evaluada a las 3, 12, 24 horas y a los días 2, 3, 4, 5 y 7 posterior a la aplicación de LLLT a través de un cuestionario estándar de autollenado haciendo uso de la escala visual análoga del dolor (EVA). Resultados: El 61.6% de los pacientes del grupo de control presentó algún grado de dolor durante el periodo de seguimiento en comparación del 38.64% del grupo experimental (p=0.004). Si bien la intensidad del dolor alcanzó su punto máximo a las 12 horas las diferencias de los promedios entre ambos grupos también fue estadísticamente significativa (<0.001). Conclusión: El LLLT demostró ser una herramienta útil en el control del dolor posterior a la aplicación de separaciones molares.