Objetivo: Describir la productividad científica chilena en el período 2000-2011 y analizar el efecto del aumento de instituciones de educación superior que imparten la carrera de odontología. Material y Métodos: Se realizaron búsquedas en la base de datos ISI para el período 2000-2011 y se registraron las publicaciones de autores con dirección de correspondencia en Chile, revista, año, afiliación e impacto. Las instituciones educativas se agruparon en aquellas pertenecientes al Consejo de Rectores (CRUCh) (tradicionales) y las no-CRUCh (privadas). Se consultaron además las bases de datos de agencias gubernamentales de financiamiento. Resultados: Durante el período estudiado se publicaron 173 trabajos en revistas indexadas ISI. Las instituciones con mayor cantidad de publicaciones son las tradicionales (U. de Chile [57.8%], U. de Concepción [9.8%] y U. de Valparaíso [8.1%]). Las universidades tradicionales representan el 89.6% de la productividad científica odontológica nacional y comprenden las publicaciones de mayor impacto (10.5 citas promedio de impacto por artículo para universidad CRUCh y 1.6 para universidad no-CRUCh). Las universidades CRUCh que se han abierto en este período han comenzado a presentar productividad científica. Las universidades no-CRUCh (privadas) representan el 6.9% de la productividad científica nacional en odontología para el período 2000-2011. En un año promedio, se publican 14 artículos del área odontológica de autores chilenos en revistas ISI, con una cantidad relativa de ocho publicaciones de la U. de Chile, una publicación de la U. de Concepción, U. de Valparaíso y UFRO respectivamente y tres publicaciones divididas entre 11 universidades con productividad científica activa. Conclusión: El aumento del número de matriculados e instituciones ha tenido escaso impacto en la productividad científica odontológica en el período estudiado. Futuras investigaciones deberán determinar las causas de la falta de investigación en las escuelas de Odontología no-CRUCh y si estas instituciones están cumpliendo la misión de las universidades de educar, investigar y servir a la comunidad.