Objetivos: Evaluar la composición microbiológica y los parámetros clínicos de bolsas periodontales ≥5 mm de profundidad al inicio, 1 semana, 3 y 12 meses post raspado y alisado radicular. Materiales y Métodos: Se tomaron registros clínicos y muestras de placa subgingival de 44 sitios de pacientes con diagnóstico de periodontitis crónica. Se identificaron por técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) patógenos putativos periodontales: Aggregatibacter actinomycetemcomitans (Aa), Porphyromonas gingivalis (Pg), Treponema denticola (Td), Tannerella forsythia (Tf) y Prevotella intermedia (Pi). Los pacientes recibieron terapia mecánica periodontal y fueron reevaluados a los 7 días, 3 y 12 meses. Resultados: Luego del tratamiento, todos los parámetros clínicos (Placa Bacteriana, Hemorragia, Supuración, Profundidad al Sondaje y Nivel de Inserción Clínica) se redujeron significativamente y los valores obtenidos se mantuvieron hasta los 12 meses. Al inicio, las especies bacterianas prevalentes fueron Pg, presente en 66% de los sitios, Tf (55%) y Td (41%). Los sitios más profundos se relacionaron con las asociaciones Tf-Td (6.8 mm) y Tf-Td-Pi (7 mm). Post terapia, el número de sitios positivos para Td, Tf y Pg se redujo significativamente. Conclusiones: El raspado y alisado radicular mejoró significativamente los parámetros clínicos y redujo la prevalencia de los patógenos periodontales Pg, Tf y Td en bolsas periodontales profundas. Los resultados obtenidos se mantuvieron hasta los 12 meses. No se detectaron mayores pérdidas de inserción clínica en el 86% de los sitios a 3 meses y en 79% a los 12 meses. Los sitios en los que el tratamiento no fue efectivo en la eliminación de patógenos a los 12 meses desarrollaron mayores profundidades de sondaje.