El presente trabajo analiza y muestra el comportamiento inequitativo del modelo de Aporte Fiscal Directo (AFD), en el área de investigación científica, que el gobierno chileno otorga a las universidades pertenecientes al Consejo de Rectores de las Universidades Chilenas. Se describe el impacto económico de las publicaciones científicas en el AFD y se determina un valor monetario aproximado de cada publicación, denominado Ingreso Marginal Total (IMT). Además, con el propósito de discutir las implicaciones del modelo AFD como incentivo o desincentivo a la investigación, se analizan los siguientes puntos: (i) el índice de desigualdad de distribución Gini, (ii) la relación entre el IMT y el ranking SCImago, y (iii) la relación entre el IMT la acreditación institucional en investigación. El análisis presentado puede ser de utilidad a las universidades, para, a) auto-control de las unidades, evaluando periódicamente su contribución a los índices de publicaciones, b) desarrollo de políticas de incentivos monetarios por publicación ISI/Scielo, y c) planificación de programas de apoyo a iniciativas científicas.