El objetivo de este estudio es estimar la eficiencia de las universidades pertenecientes al Consejo de Rectores de las Universidades Chilenas. El trabajo se basa en la técnica de análisis envolvente de datos (DEA) y tiene en cuenta la realidad del sistema universitario chileno. Un modelo DEA con una variable de entrada (gastos operativos) y dos variables de salida (publicaciones ISI y número de estudiantes matriculados) fue desarrollado para evaluar el desempeño de las universidades. Los resultados empíricos indican que 3 de las 25 instituciones son eficientes en el plano de investigación y docencia. Además, estos resultados no revelan diferencias estadísticamente significativas de eficiencia entre las instituciones estatales y las no estatales, como tampoco entre las instituciones con distintos años de acreditación institucional.