El objetivo de este artículo es reflexionar sobre el papel que desempeñan las instituciones de investigación académica como agentes de cambio en los territorios. Los institutos de investigación que es posible catalogar como de investigación transformadora tienen como objetivo generar nuevos conocimientos diferentes de los centros de investigación tradicionales, porque su finalidad es ayudar al desarrollo de los territorios. En este documento se analizan dos casos de estudio a partir de la experiencia de los cuatro co-autores, que orientan activamente su investigación hacia acciones transformadoras, en dos universidades jesuitas, una en el País Vasco, España, y la otra en Uruguay. Desde este análisis se identifican los cambios que habría que abordar en las universidades para tener un rol más activo y estratégico en el desarrollo territorial.