La estructura del De principiis ha intrigado a los estudiosos por varias décadas, debido a sus repeticiones, digresiones e irregularidades, que han impedido alcanzar resultados definitivos. Y si bien en el último siglo se han realizado significativos avances en las obras de Orígenes, la falta de datos sobre el contexto y el propósito del tratado deja espacio para múltiples hipótesis. De acuerdo a este artículo, el De principiis estaría básicamente estructurado por dos ciclos sucesivos pensados como un itinerario pedagógico para ofrecer la enseñanza eclesial al ambiente intelectual de Alejandría, que desprecia la fe de los simpliciores y que se siente atraído por la opción intelectual de los gnósticos. Estos sucesivos desarrollos de los mismos temas bajo diversas perspectivas, no serían fruto de sucesivas redacciones, sino más bien de un plan pedagógico proyectado por Orígenes.