El uso de apropiados métodos de muestreo, tipo de tejido y la utilización de protocolos viables de extracción del ADN son aspectos críticos en estudios basados en PCR. Los métodos de extracción de ADN deben ser simples, reproducibles, económicos y no contaminantes. Este trabajo tuvo por objetivo comparar un protocolo modificado de extracción con sal común (NaCl) y un protocolo modificado de extracción con fenol-cloroformo para la obtención de ADN genómico en alta cantidad y calidad desde muestras de aleta y larva de pez (Brycon orbignyanus, Piaractus mesopotamicus, Oreochromis niloticus, Leporinus elongatus y Prochilodus lineatus). Las muestras aisladas de diferentes especies de peces usando la extracción con sal común permitieron obtener ADN de buena calidad (relación DNA/RNA 1.8-2.2) y fue usado con éxito en la amplificación de los marcadores moleculares RAPD y microsatélite. Esto demostró la misma efectividad de la extracción de ADN con sal común en comparación con el protocolo modificado de extracción con fenol-cloroformo. Este procedimiento de extracción de ADN constituye una alternativa y un reemplazo eficaz para los protocolos anteriores por mejorar los estudios moleculares en peces