La calidad del hábitat de ciertas especies en tramos específicos de ríos puede ser alterada por cualquier cambio a la morfología, condiciones hidráulicas o hidrológicas y calidad o usos del agua. Estos cambios pueden mejorar, empeorar o no tener ningún efecto en la idoneidad del hábitat de esta especie en cierto momento de su vida. Una evaluación adecuada de los posibles efectos que diferentes escenarios, en un proyecto que considera modificaciones en algún tramo de río, pueden generar es necesaria para minimizar cualquier consecuencia negativa y al mismo tiempo maximizar los beneficios. En este estudio el efecto de la canalización y rectificación de un tramo del río Lehmi, ubicado en el estado de Idaho, Estados Unidos, sobre la calidad del hábitat del salmón Chinook durante dos etapas de su ciclo de vida, desove y juvenil, son analizados por medio del uso de índices de idoneidad y comparación de la calidad de hábitat. La distribución espacial del flujo es obtenida usando un modelo numérico cuasi tridimensional. Nuestros resultados muestran que la idoneidad del hábitat durante la etapa de desove se reduce significativamente cuando el tramo ha sido canalizado y rectificado. Durante la etapa juvenil los tramos natural y modificado no presentan diferencias significativas. Si se considera un año completo el periodo de excedencia de la superficie ponderada útil en el tramo rectificado es prácticamente constante tanto para las etapas de desove y juvenil, sin embargo el tramo natural muestra mayor dependencia al caudal que fluye en determinado momento.