Objetivo: analizar la relación entre talla baja y rendimiento escolar en niños de comunas de alta vulnerabilidad social de Santiago. Pacientes y métodos: se seleccionaron niños de talla baja(-1 a -3 DE) o normal (± 0,5) para la edad según estándar OPS/NCHS, cuyos padres tenían talla muy baja (- 2 DE) o no muy baja (entre -1,99 y 0,5 DE) para el mismo estándar a los 18 años. Se formaron tres grupos. El grupo 1 de 85 niños de talla baja y padres muy bajos; grupo 2 de 76 niños de talla baja y padres no muy bajos y grupo 3 de 86 niños de talla normal y padres no muy bajos. Se registraron antecedentes demográficos, escolaridad de los padres, recursos y apoyo de la familia al aprendizaje. El rendimiento escolar se midió por las notas de promoción en matemática y español, fracaso el año precedente, trastorno de aprendizaje e índices de rendimiento y se comparó entre los grupos. Resultados: los niños talla baja tenían menores notas de pase en castellano y matemáticas y mayor riesgo de trastornos de aprendizaje y repetición. En el modelo multivariado de bajo rendimiento ingresaron significativamente pertenecer al grupo 2 (razón de ventaja (OR)= 2,48; intervalo de confianza (IC)= 1,13 - 5,46 y baja escolaridad de padre y madre (OR = 1,52; IC = 1,13 - 2,03). En el modelo de buen rendimiento ingresaron alta escolaridad de los padres (OR=1,47; IC=1,16-1,87), bajo número de menores de 18 años en el hogar (OR = 2,29; IC = 1,11 - 4,71) y talla normal (OR = 2,18; IC = 1,08 - 4,39). Conclusión: la prevención del déficit secundario de crecimiento, aplicando programas de apoyo en los grupos de riesgo, podría contribuir a la disminución del bajo rendimiento escolar.