Se han planteado variadas hipótesis sobre relaciones taxonómicas entre las especies de Merluccius, proponiéndose la existencia de dos subespecies Merluccuis gayi gayi y Merluccius gayi peruanus en el Pacífico Sureste; aunque hasta el momento no existen evidencias suficientes que respalden tal hipótesis. En el presente trabajo se analizan las diferencias genéticas entre ambas subespecies mediante electroforesis de proteínas. Se procesaron 25 individuos de M. gayi gayi de la zona de Talcahuano (Chile) y 25 individuos de M. gayi peruanus del Puerto de Paita (Perú). Se detectó el producto génico de 33 loci homólogos. Los taxa presentan movilidad diferencial de los alelos en los loci monomórficos EM-2*, AP-1* y CA-1* y en el locus polimórfico EST-3*. Merluccius gayi gayi resultó ser el taxón con mayor variabilidad, con un polimorfismo de 24% y una media de heterocigosidad esperada de 0,072. Merluccius gayi peruanus presentó un polimorfismo de 18% y una media de heterocigosidad esperada de 0,037. La identidad genética entre los taxa fue 0,873, de donde se estima un tiempo de separación que va entre 900.000 y 2.000.000 de años (Pleistoceno). En conjunto con la información paleogeográfica, se postulan relaciones biogeográficas históricas