Se analiza la diferenciación fenotípica entre ayllus de la población agroalfarera de San Pedro de Atacama. La muestra está constituida por 622 individuos correspondientes a los períodos Temprano, Medio y Tardío. Se trabajó con 37 variables craneométricas. Las diferencias se evaluaron mediante técnicas de análisis estadístico multivariado. Los resultados indican una importante diferenciación en el período Temprano. Durante el período Medio, se observa la reducción de las diferencias entre sitios y, en el período Tardío, un aumento moderado de las diferencias entre los ayllus. AbstractIn this work we analyze the phenotypic differences among cemeteries from the prehistoric population of San Pedro de Atacama. The sample comprises 622 individuals, corresponding to Early, Middle, and Late periods. We worked with 37 craniometric variables. The differences among ayllus were evaluated using multivariate analysis. The results indicate a significant differentiation during the Early Period. The differentiation among ayllus during the Middle Period is reduced. During the Late Period, there is a moderate increase of differences among sites.