El golfo de Batabanó (GB), es la región de la plataforma marina cubana de mayor extensión e importancia pesquera. Afectaciones al hábitat de especies marinas han sido señaladas como consecuencia de factores naturales y antrópicos. El objetivo fue determinar variaciones espacio-temporales significativas en la hidrología del GB en diferentes periodos y situaciones ambientales. Para ello se analizó la variabilidad de la lluvia y la temperatura del aire en 1975-1995 y 1996-2015 periodos de baja y alta actividad ciclónica, las características termohalinas del GB anterior (1959-1970) y posterior (2006-2016) al represamiento fluvial, y el efecto de dos huracanes casi simultaneaos en 2008 (“Gustav” e “Ike”). Diferencias significativas en la variabilidad interanual de parámetros meteorológicos entre el norte y el sur del GB respondieron a características locales, y ocurrieron cambios en la distribución de los meses de máximas precipitaciones. El represamiento fluvial, sumado a déficits de precipitación en primavera, verano e invierno, provocaron aumentos termohalinos en 2006-2016, con incremento de 0,7 °C en la temperatura del agua y de 2,3 en la salinidad promedio del GB, respecto a 1959-1970. La salinidad mostró una ampliación en la distribución de valores hipersalinos, y media > 36 en meses de altas precipitaciones, con promedio general de 35,4 en 1959-1970 y 37,7 en 2006-2016, esto sugiere que el represamiento ha sido un factor principal en las variaciones de salinidad. El impacto termohalino en el GB de dos huracanes en 2008, se restableció en corto plazo, con mayor inercia en la turbidez.