El metagenoma humano es una composición de los genes de las células eucarióticas del Homo sapiens y los genes presentes en los miles de millones de ge-nomas de los microorganismos que colonizan nuestro cuerpo (microbioma). La gran colección de microbios que colonizan en nuestro intestino se ha estimado que oscila entre 10 - 100 trillones de organismos. El micro-bioma intestinal codifica para capacidades metabólicas que se mantienen sin dilucidar pero que incluyen la degradación de componentes indigeribles de nuestra dieta. La obesidad se produce por alteraciones en la regulación de la ingesta, el gasto y el almacenamiento calórico en el organismo (cuerpo). Comparaciones de la microbiota intestinal distal de ratones genéticamente obesos y sus compañeros normales de camada, así como las de voluntarios humanos obesos y delgados han revelado que la obesidad se asocia con cambios en la abundancia relativa de las dos divisiones dominantes de bacterias (phylum), los Bacteroidetes y los Firmicutes. Esos resultados sugieren que la microbiota intestinal afecta a la adquisición de nutrientes y la regulación de la energía. En este artículo se revisa la evidencia publicada que apoya el papel potencial de la flora intestinal en el desarrollo de la obesidad y explora el rol que la modificación de la microbiota intestinal puede jugar en su tratamiento futuro.