Introducción: El síndrome de Prader Willi (SPW) es un trastorno genético complejo relacionado con insuficiencia hipotalámica. Una de las manifestaciones clínicas es la obesidad asociada a un desequilibrio entre la ingesta y el gasto energético, debido a la hiperfagia y a la baja tasa metabólica que presentan estos pacientes. Distintos procedimientos e intervenciones han sido utilizadas para tratar de limitar el consumo de alimentos, pero no hay resultados contundentes al respecto. Objetivo: Comparar el gasto energético en reposo (GER) de pacientes con SPW con pacientes obesos sin el Síndrome. Sujetos y métodos: Se realizó un estudio comparativo observacional, transversal y descriptivo en pacientes con SPW y pacientes obesos sin SPW pareados por edad, sexo e IMC. Se midió por medio de calorimetría indirecta el GER de los pacientes, así como por antropometría, IMC, pliegue cutáneo de tríceps y bíceps. Se utilizó una prueba T de Student para muestras independientes que comprobara la homogeneidad de los pacientes y se realizó una serie de análisis de ANCOVA sobre cada uno de los parámetros de la calorimetría indirecta. Resultados: Se analizó 20 pacientes mestizo-mexicanos entre 2 y 26 anos: 10 pacientes con SPW y 10 controles obesos. Se identificó una diferencia estadísticamente significativa en el GER, resultando 17.67% menor en los sujetos con SPW; así también en el volumen de oxígeno (mil/min) y volumen TIDAL (p < 0.05). Conclusión: Pacientes con SPW per se producen modificaciones en el GER a lo largo de la vida en comparación con los pacientes con obesidad.