Las Buenas Prácticas de Manufacturas (BPM) son una herramienta básica para obtener un producto alimenticio seguro para consumo humano. El objetivo de este estudio fue determinar el porcentaje de cumplimiento de BPM y su correlación con la aceptación de criterios microbiológicos en fábricas y muestras de helados de Ñuble, Chile, de acuerdo al Reglamento Sanitario de Alimentos chilenos. Se analizaron auditorías de BPM aplicadas por fiscalizadores de Secretaría Regional Ministerial (SEREMI) de Salud Ñuble, a 40 fábricas de helados y los resultados microbiológicos de 435 muestras de helados entre los años 2005 y 2010. Se determinó que el 55,2% de las muestras no cumplieron para RAM (105 UFC/g) y coliformes (102 UFC/g) y 4,6% para Staphylococcus aureus (102 UFC/g), en cambio el 100% cumplieron para Salmonella spp. Los mayores RAM fueron en verano con 60% de rechazo. El 67% de auditorías de BPM alcanzaron valores superiores al mínimo (70% de cumplimiento), las instalaciones fue el ítem mejor evaluado (88,4%), y capacitación del personal el peor (20,3 %). La correlación entre los resultados de auditorías de BPM y criterios microbiológicos permitió comprobar que con un porcentaje igual o superior al 80% de cumplimiento de BPM se aseguraría la calidad microbiológica de helados, disminuyendo con ello el riesgo en la salud del consumidor.