La kañihua (Chenopodium pallidicaule Aellen) es una Chenopodiacea de la región andina, que contiene entre 15 y 19% de proteínas, con aminoácidos esenciales. El objetivo del presente estudio fue fraccionar y caracterizar electroforéticamente las proteínas de la semilla de kañihua variedades Ramis y Cupi-Sayhua. En harina integral se realizó el análisis proximal y fraccionamiento, luego, la harina se fraccionó mediante cinco técnicas según la solubilidad de Osborne para obtener albuminas, globulinas, prolaminas y glutelinas. Se optimizó la metodología, solventes y tiempo de extracción; e identificaron los perfiles electroforéticos de las fracciones. El mayor contenido proteínico (p≤ 0,05) fue de la harina de kañihua y sus fracciones proteicas, en comparación a kiwicha y trigo. El mayor rendimiento porcentual (p≤ 0,05) durante 1 h de extracción secuencial de las fracciones proteicas, se obtuvo con la técnica de Rodríguez y et.al., para albuminas y glutelinas, y con la técnica de Barba de la Rosa y et.al., para globulinas y prolaminas. Se encontró en kañihua Ramis y Cupi-Sayhua, albúminas: 15,4±0,3 y 15,8+0,3%; globulinas: 7S 24,1±0,5 y 26,3+1,0%; globulinas 11S: 25,7+1,0 y 26,7+1,0%; prolaminas: 9,6+0,1 y 9,9+0,5% y glutelinas: 22,9+0,1 y 21,5+1,4%, respectivamente. El perfil electroforético mostró patrones similares en número de bandas y diferentes en concentración en ambas variedades.