Chilean Patagonia is experiencing an increase in the use of soil and coastal ocean and accelerated melting of some glaciers. One of the future scenarios is that the adjacent fjiords would receive variable quantities of freshwater and inorganic nutrients. We studied the response of phytoplankton assemblages, of Reloncaví Fjord in winter and Comau Fjord in spring to the addition of nitrate and silicic acid in microcosm experiments. Phytoplankton assemblages responded to nutrient addition with increases in cell abundance, autotrophic biomass (chlorophyll-a) and with changes phytoplankton species composition, emphasizing alternation of pennate diatoms to centric chain-forming diatoms. These results provide evidence on the factors affecting natural microalgal communities in a climate change scenario and human intervention in Northern Patagonia.La Patagonia chilena está experimentando un aumento del uso del suelo y océano costero y el acelerado derretimiento de algunos glaciares, por lo que uno de los escenarios a futuro es que los fiordos adyacentes reciban cantidades variables de agua dulce y nutrientes inorgánicos. Se estudió la respuesta de ensambles de fitoplancton de los fiordos Reloncaví en invierno y Comau en primavera, a la adición de nitrato y ácido silícico en experimentos de microcosmos. Los ensambles fitoplanctónicos estudiados respondieron a la adición de nutrientes con incrementos en la abundancia celular biomasa autotrófica (clorofila-a) y cambios en la composición específica, destacando el cambio de dominancia de especies de diatomeas pennadas a céntricas formadoras de cadenas. Estos resultados dan indicios acerca de los factores que afectan a las comunidades microalgales en un escenario de cambio climático e intervención antrópica de los fiordos de la Patagonia Norte.