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Genotipificación y relación hospedador-específica del virus de la necrosis pancreática infecciosa en Chile

Genotyping and host-specific relationship of infectious pancreatic necrosis virus in Chile

dc.contributorSernapesca, Subpesca, FIPA, Salmones Cupquelan S.A.es-ES
dc.contributoren-US
dc.creatorTorres, Pamela
dc.creatorEissler, Yoanna
dc.creatorTapia, David
dc.creatorEspinoza, Juan Carlos
dc.creatorKuznar, Juan
dc.date2017-02-23
dc.date.accessioned2020-11-05T13:35:03Z
dc.date.available2020-11-05T13:35:03Z
dc.identifierhttp://lajar.ucv.cl/index.php/rlajar/article/view/vol44-issue4-fulltext-23
dc.identifier10.3856/vol44-issue4-fulltext-23
dc.identifier.urihttps://revistaschilenas.uchile.cl/handle/2250/158395
dc.descriptionSe analizaron muestras de órganos (riñón y bazo) de las principales especies de salmónidos cultivados en Chile a través de la reacción en cadena de la polimerasa anidada (PCR anidado) para detectar la presencia del virus de la necrosis pancreática infecciosa (IPNV). La técnica resultó ser eficiente y sensible, permitiendo amplificar material genético del virus para su secuenciación directamente desde los tejidos, incluso desde muestras que no pudieron ser aisladas en cultivo celular. A través del análisis filogenético se detectaron los dos genogrupos descritos previamente en el país, i.e., europeo (Genogrupo 5) y americano (Genogrupo 1), siendo cuantitati-vamente predominantes los IPNV del Genogrupo 5 (78,8%). Dentro del Genogrupo 1, se observó claramente la formación de un sub-grupo de virus chilenos separados de las cepas de referencia (e.g., WB, VR-299), por lo que se propone su denominación como genotipo chileno. Adicionalmente, se observó una relación estadística-mente significativa hospedador-específica entre los genogrupos identificados: los virus del Genogrupo 5 provienen de Salmo salar mientras que los del Genogrupo 1 provienen de Oncorhynchus mykiss u O. kisutch (P < 0,001). La asociación de esta relación hospedador-específica con la virulencia puede proveer información importante para el manejo y control de IPNV en Chile.es-ES
dc.descriptionSamples of fish organs (kidney and spleen) from the main salmonid species farmed in Chile were analyzed through the nested polymerase chain reaction (nested PCR) to detect the presence of infectious pancreatic necrosis virus (IPNV). The technique proved to be efficient and sensitive, allowing amplification of viral genetic material for sequencing directly from tissue, even from samples that could not be isolated in cell culture. The phylogenetic analysis showed the two genogroups previously described in the country, i.e., European (Genogroup 5) and American (Genogroup 1), being the IPNV that belong to Genogroup 5 the dominant one (78.8%). It is clear that the Chilean IPN viruses are clustered within the Genogroup 1 forming a sub-group that is separated from the reference strains (e.g., WB, VR-299), hence we propose its denomination as a Chilean genotype. Additionally, a statistically significant host-specific relationship was observed between the genogroups identified: viruses from Genogroup 5 were detected in Salmo salar, while the ones from Genogroup 1 were detected in Oncorhynchus mykiss or O. kisutch (P < 0.001). The association of this hostspecific relationship with the virulence can provide important information for the management and control of IPNV in Chile.en-US
dc.formatapplication/pdf
dc.languagespa
dc.publisherPontificia Universidad Católica de Valparaísoen-US
dc.relationhttp://lajar.ucv.cl/index.php/rlajar/article/view/vol44-issue4-fulltext-23/248
dc.relationhttp://lajar.ucv.cl/index.php/rlajar/article/downloadSuppFile/vol44-issue4-fulltext-23/861
dc.sourceLatin American Journal of Aquatic Research; Vol 44, No 4 (2016); 860-868en-US
dc.sourcePlataforma para envío de artículos - Latin American Journal of Aquatic Research; Vol 44, No 4 (2016); 860-868es-ES
dc.source0718-560X
dc.source0718-560X
dc.subjectvirus; IPNV; PCR anidado; genotipificación; filogenia; relación hospedador-específica; gen VP2es-ES
dc.subjectvirus; IPNV; nested PCR; genotyping; phylogeny; host-specific relation; VP2 geneen-US
dc.titleGenotipificación y relación hospedador-específica del virus de la necrosis pancreática infecciosa en Chilees-ES
dc.titleGenotyping and host-specific relationship of infectious pancreatic necrosis virus in Chileen-US
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.typeen-US
dc.typees-ES


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