Diversity of macrofaunal groups in soft bottoms of the northern and southwestern Cuban shelf was assessed using taxonomic indices that depend on community structure, are independent of habitat type and sampling effort, and have a monotonic response to environmental disturbances. Taxa heterogeneity was significantly higher in sandy-muddy with vegetation, sandy with vegetation, and sandy with vegetation on hard bottom substrates. Biotopes diversity showed a gradient from smaller to greater particle size and from absence to presence of vegetation. Average taxonomic distinctness expected in these zones of the Cuban marine shelf is 92.5 with 95% confidence limits between 76.7 and 100. Sites with average taxonomic distinctness lower than 92.5 and outside the estimated confident limits can be considered environmentally deteriorated or favoring diversity of some particular groups. Dominant groups in this benthos fraction are crustaceans and polychaetes, which is consistent with studies in other tropical and temperate regions. These results constitute a baseline for environmental assessment and monitoring of macrofauna in Cuban soft bottoms, as a key component for marine ecosystems functioning.Se evaluó la diversidad de la macrofauna en fondos blandos de la plataforma marina cubana norte y suroccidental. Se utilizaron índices de variación taxonómica que aportan una nueva dimensión en la interpretación de la diversidad de las comunidades, que son independientes del tipo de hábitat y del esfuerzo de muestreo, y tienen respuesta monotónica ante las perturbaciones del ambiente. La heterogeneidad de taxones fue significativamente mayor en los biotopos areno-fangoso con vegetación, arenoso con vegetación y arenoso con vegetación sobre fondo duro. La diversidad por biotopos reflejó un gradiente de menor a mayor tamaño de partícula y de ausencia a presencia de vegetación. La distinción taxonómica promedio (Δ+ ) esperada en estas zonas de la plataforma cubana es de 92,5, con límites de confianza de 95% entre 76,7 y 100. Las estaciones con distinción taxonómica promedio <92,5 y fuera del límite de confianza inferior, se pueden considerar con condiciones ambientales de deterioro o que favorecen la diversidad de algún grupo en particular. Los grupos dominantes en esta fracción del bentos son crustáceos y poliquetos, como ocurre en otras regiones tropicales y templadas. Estos resultados sirven de base para la evaluación y monitoreo ambiental del macrozoobentos como componente clave del funcionamiento de ecosistemas marinos en fondos blandos de Cuba.