The effect of two diets (live food and dry diet) and two different populations of Rhamdia quelen from Argentina (pampean and northeastern area) on performance and skeletal deformities in fish larvae, according to a 2x2 factorial design, was evaluated. At the end of the trial (20 days post-hatching), skeletal deformities were diverse and affected all regions of the vertebral axis. In neither case, these anomalies had an impact on final weight of larvae. The northeastern biotype presented the highest percentage of skeletal abnormalities (72.3%) and lower survival. A high incidence of fused and compressed vertebrae (affecting 22.2 and 19.4% of the larvae, respectively) was observed. Statistical analysis showed that fusions were not affected by the biotype or feeding treatment. However, in the case of compressions, interaction between diet and biotype was found. For this kind of malformations, live food treatment shows not difference between biotypes, while larvae fed dry diet had the highest frequency in the northeastern biotype. These results indicate that to prevent the incidence of bone malformations in R. quelen larvae both factors must be considered (biotype and diet). The differential bone and cartilage staining could be a useful tool for precociously detection of skeletal malformations during early developmental stage in R. quelen larvae.Se evaluó el efecto de dos dietas (alimento vivo y dieta seca) y dos poblaciones diferentes de Rhamdia quelen de Argentina (área pampeana y nordeste) sobre parámetros de crecimiento, supervivencia e incidencia de malformaciones óseas en sus larvas según un diseño factorial 2x2. Al final de la experiencia (20 días pos-eclosión), las deformaciones esqueléticas fueron diversas y afectaron todas las regiones del eje vertebral. En ningún caso estas anomalías incidieron sobre el peso final de las larvas. No obstante, el biotipo nordeste presentó el mayor porcentaje de ejemplares con anomalías esqueléticas (72,3%) y menor supervivencia. Las alteraciones más comunes fueron compresiones y fusiones vertebrales, afectando el 22,2 y 19,4% de las larvas, respectivamente. El análisis estadístico mostró que la frecuencia de fusiones no fue afectada por el biotipo o por el tratamiento alimentario. Sin embargo, en el caso de las compresiones vertebrales se observó interacción entre biotipo y dieta. Para este tipo de lesión, con alimento vivo, no se detectaron diferencias entre biotipos, al tiempo que las larvas alimentadas con dieta seca presentaron mayor frecuencia de compresiones en el biotipo nordeste. Estos resultados indican que la incidencia de malformaciones en larvas de R. quelen se encuentra relacionada con ambos factores (biotipo y dieta). La coloración diferencial de cartílagos y huesos en larvas puede convertirse en una herramienta útil para evaluar, precozmente, la incidencia de malformaciones durante el desarrollo temprano de R. quelen.