Detection and quantification of Chilean strains of infectious pancreatic necrosis virus by real-time RT-PCR assays using segment B as a target
Detección y cuantificación de cepas chilenas del virus de la necrosis pancreática infecciosa por medio de la técnica de RT-PCR en tiempo real usando el segmento B como objetivo
| dc.contributor | en-US | |
| dc.contributor | es-ES | |
| dc.creator | Eissler, Yoanna | |
| dc.creator | Pavlov, María Soledad | |
| dc.creator | Conejeros, Pablo | |
| dc.creator | Espinoza, Juan Carlos | |
| dc.creator | Kuznar, Juan | |
| dc.date | 2017-04-13 | |
| dc.date.accessioned | 2020-11-05T13:35:39Z | |
| dc.date.available | 2020-11-05T13:35:39Z | |
| dc.identifier | http://lajar.ucv.cl/index.php/rlajar/article/view/vol39-issue3-fulltext-14 | |
| dc.identifier | 10.3856/vol39-issue3-fulltext-14 | |
| dc.identifier.uri | https://revistaschilenas.uchile.cl/handle/2250/158689 | |
| dc.description | Infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) is the causal agent of a highly prevalent disease that affects salmonid fish, mostly during their fresh water life period. Like many other viruses, IPNV produces highly heterogeneous populations. Therefore, diagnostic methods need to be checked constantly so that no variants of the virus escape detection. The IPNV genome is composed of two double-stranded RNA segments: A and B, polymerase chain reaction (PCR) methods normally use segment A as a target. In order to develop an optimized protocol to diagnose IPNV, we present a real-time RT-PCR (reverse transcription) technique, using primers designed to recognize segment B of the virus. To validate the ubiquity of the primers used, the IPNV isolates tested were sequenced and compared with previously published cladograms, which include a wide spectrum of genogroups. These primers made it possible to detect viral isolates belonging to genogroups 1 and 5, which were obtained from different locations linked to fish farming. As expected, we were able to detect the virus from distant Aquabirnavirus genogroups. | en-US |
| dc.description | El virus de la necrosis pancreática infecciosa (IPNV) es el agente causal de una enfermedad altamente prevalente que afecta a peces salmónidos, principalmente durante su período de vida en agua dulce. IPNV, así como muchos otros virus, produce poblaciones altamente heterogéneas. Por lo tanto los métodos dediagnóstico necesitan ser constantemente revisados para evitar que ciertas variantes del virus escapen de la detección. El genoma del IPNV está compuesto por dos segmentos de ARN de doble hebra, A y B, los métodos de PCR (reacción en cadena de la polimerasa) normalmente usan el fragmento A como blanco. Con el propósito de generar un protocolo optimizado para el diagnóstico del IPNV, se presenta una técnica de RTPCR (transcripción reversa-) en tiempo real, usando partidores diseñados para reconocer el segmento B delvirus. Para validar la universalidad de los partidores utilizados, los aislados del IPNV probados fueron secuenciados y comparados con cladogramas previamente publicados, los cuales incluyen un amplio rango de genogrupos. Con estos partidores fue posible detectar aislados virales pertenecientes a los genogrupos 1 y 5, provenientes de distintas localidades relacionadas con el cultivo de peces. Como se esperaba, se logró detectar virus pertenecientes a genogrupos distantes de Aquabirnavirus. | es-ES |
| dc.format | application/pdf | |
| dc.language | eng | |
| dc.publisher | Pontificia Universidad Católica de Valparaíso | en-US |
| dc.relation | http://lajar.ucv.cl/index.php/rlajar/article/view/vol39-issue3-fulltext-14/573 | |
| dc.source | Latin American Journal of Aquatic Research; Vol 39, No 3 (2011); 544-552 | en-US |
| dc.source | Plataforma para envío de artículos - Latin American Journal of Aquatic Research; Vol 39, No 3 (2011); 544-552 | es-ES |
| dc.source | 0718-560X | |
| dc.source | 0718-560X | |
| dc.subject | infectious pancreatic necrosis virus (IPNV); real-time RT-PCR assay; VP1 gene; phylogenetic tree | en-US |
| dc.subject | virus de la necrosis pancreática infecciosa (IPNV); ensayo en tiempo real RT-PCR; gen VP1; árbol filogenético. | es-ES |
| dc.title | Detection and quantification of Chilean strains of infectious pancreatic necrosis virus by real-time RT-PCR assays using segment B as a target | en-US |
| dc.title | Detección y cuantificación de cepas chilenas del virus de la necrosis pancreática infecciosa por medio de la técnica de RT-PCR en tiempo real usando el segmento B como objetivo | es-ES |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/article | |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion | |
| dc.type | en-US | |
| dc.type | es-ES |