Diseases are of particular importance for aquaculture worldwide, particularly in intensive culture. In Mexico, intensive culture of channel catfish is mainly done in floating cages. The aim of the present study was to determine the presence of the myxozoan Henneguya and the effect of site, period and host length on its prevalence in cage-cultured channel catfish. Over a year, fish were examined on six different sites. Results showed the presence of Henneguya exilis in all the farms. However, no significant effects were observed for site and season on prevalence, nor was there a correlation between host length and infection prevalence.Las enfermedades tienen una gran importancia en la acuacultura mundial, especialmente en sistemas de cultivo intensivos. En México, el cultivo intensivo del bagre de canal se realiza principalmente enjaulas flotantes. El objetivo de la presente investigación fue el determinar la presencia del myxozoo Henneguya y el efecto del lugar, periodo y longitud del huésped con la prevalencia en el bagre de canal en jaulas de cultivo. Durante un año, se examinaron peces obtenidos de granjas en seis localidades. Los resultados mostraron la presencia de Henneguya exilis en todas las granjas, sin embargo no se observaronefectos significativos para el sitio y época en la prevalencia, ni hubo una correlación entre la prevalencia de la infección y la longitud del huésped.