The study of biological invasions can be roughly divided into three parts: detection, monitoring, mitigation. Here, our objectives were to describe the marine fauna of the area of the port of São Sebastião (on the northern coast of the state of São Paulo, in the São Sebastião Channel, SSC) to detect introduced species. Descriptions of the faunal community of the SSC with respect to native and allochthonous (invasive or potentially so) diversity are lacking for all invertebrate groups. Sampling was carried out by specialists within each taxonomic group, in December 2009, following the protocol of the Rapid Assessment Survey (RAS) in three areas with artificial structures as substrates. A total of 142 species were identified (61 native, 15 introduced, 62 cryptogenic, 4 not classified), of which 17 were Polychaeta (12, 1, 1, 3), 24 Ascidiacea (3, 6, 15, 0), 36 Bryozoa (17, 0, 18, 1), 27 Cnidaria (2, 1, 24, 0), 20 Crustacea (11, 4, 5, 0), 2 Entoprocta (native), 16 Mollusca (13, 3, 0, 0). Twelve species are new occurrences for the SSC. Among the introduced taxa, two are new for coastal Brazil. Estimates of introduced taxa are conservative as the results of molecular studies suggest that some species previously considered cryptogenic are indeed introduced. We emphasize that the large number of cryptogenic species illustrates the need for a long-term monitoring program, especially in areas most susceptible to bioinvasion. We conclude that rapid assessment studies, even in relatively wellknown regions, can be very useful for the detection of introduced species and we recommend that they be carried out on a larger scale in all ports with heavy ship traffic.El estudio de invasiones biológicas puede ser dividido en tres partes: detección, supervisión y atenuación. El objetivo fue describir la fauna marina del puerto de São Sebastião (costa norte del estado deSão Paulo, en el canal de São Sebastião, SSC) para detectar las especies introducidas. No existen descripciones de la comunidad faunística del SSC en relación a la diversidad nativa y alóctona (invasiva o potencialmente) de todos los grupos de invertebrados. El muestreo se efectuó por especialistas de cada grupo taxonómico en diciembre de 2009, siguiendo el protocolo de Estudio de Evaluación Rápida (EER) en tres zonas con sustratos artificiales. Se identificaron 142 especies (61 nativas, 15 introducidas, 62 criptogénicas y cuatro no determinadas), de las cuales 17 correspondieron a poliquetos (12, 1, 1, 3), 24 a ascidias (3, 6, 15, 0), 36 a briozoarios (17, 0, 18, 1), 27 a cnidarios (2, 1, 24, 0), 20 a crustáceos (11, 4, 5, 0), 2 a entoproctos (nativo) y 16 a moluscos (13, 3, 0, 0). Doce especies constituyen nuevos registros para el SSC. Entre los taxa introducidos, dos son nuevos para la costa de Brasil. Las estimaciones de los taxa introducidos son conservativas dado que los resultados obtenidos en estudios moleculares sugieren que algunas especies anteriormente consideradas criptogénicas son introducidas. Se destaca que el gran número de especies criptogénicas refleja la necesidad de un programa de monitoreo a largo plazo, especialmente en las zonas más susceptibles a la invasión biológica. Se concluye que los estudios de evaluación rápida, incluso en las regiones relativamente bien conocidas, pueden ser útiles para detectar especies introducidas y se recomienda expandir este tipo de estudios en todos los puertos con tráfico marítimo.