Marine protected areas of multiple uses (MPA-MU), are an important management tool to protect biodiversity and regulate the use of coastal marine resources. However, robust conservation plans require an explicit consideration of not only biological but also social components, balancing the protection of biodiversity with a sustainable exploitation of marine resources. Here we applied the decision-making algorithm MARXAN to provide a zoning analysis at the Mejillones Peninsula MPA-MU in northern Chile, one of largest MPA’s of the Humboldt Current Marine Ecosystem. We set conservation goals for coarse and fine-filter conservation targets that were crossed out against different threats and pressure factors from human activities across the area. We identified a portfolio of sites for conservation, within the Mejillones Peninsula MPA-MU, representing different ecological systems with different levels of human impacts and vulnerability. These results may serve as a foundational guideline for the future administration of the MPA-MU.Las áreas marinas protegidas de múltiples usos (AMCP-MU), son una importante herramienta de manejo para la protección de la biodiversidad y la regulación del uso de recursos marinos costeros. Sin embargo, planes robustos para la conservación, deben considerar explícitamente no sólo componentes biológicos sino además sociales, equilibrando la protección de la biodiversidad con la explotación sustentable de los recursos marinos. En este trabajo se aplica el algoritmo de toma de decisiones MARXAN, para entregar un análisis de zonificación del AMCP-MU, de la península de Mejillones, en el norte de Chile, una de las AMP más grandes del Ecosistema Marino del sistema de la Corriente de Humboldt. Se fijaron metas deconservación para objetivos de conservación de filtro grueso y fino, que fueron cruzados contra diferentes amenazas y factores de presión, generados por las actividades humanas registradas en la zona. Se identificó un portafolio de sitios prioritarios de conservación, dentro de la AMCP-MU, representativos de diferentes sistemas ecológicos, sometidos a diferentes niveles de impacto humano y vulnerabilidad. Estos resultados pueden proveer las guías fundacionales para el futuro plan de administración de la AMCP-MU de la península de Mejillones.